Pemrograman Jaringan

1. Program untuk mengetahui nama komputer lokal

Output setelah program di jalankan :

2. program untuk mendapatkan IP komputer lokal dan komputer lain.

  Output setelah program di jalankan :

 
3.  Program untuk mengetahui alamat ip dari suatu situs.

Output setelah program di jalankan :

Perkembangan Komputer

Komputer adalah sebuah perangkat yang dipakai untuk mengelolah data menurut prosedur yang telah dirumuskan. Istilah Komputer berasal dari bahasa latin computare yang berarti alat hitung, semula dipergunakan untuk menggambarkan orang yang perkerjaannya melakukan perhitungan aritmatika, dengan atau tanpa alat bantu, tetapi akhirnya menjadi perangkat multifungsi. Komputer saat ini adalah hasil evolusi panjang dari komputer zaman dahulu, yang mulanya adalah alat mekanik dan elektronik.

Secara luas, Komputer dapat didefinisikan sebagai suatu peralatan elektronik yang terdiri dari beberapa komponen, yang dapat bekerja sama antara komponen satu dengan yang lain untuk menghasilkan suatu informasi berdasarkan program dan data yang ada. Adapun komponen komputer adalah meliputi: Layar Monitor, CPU, Keyboard, Mouse dan Printer (sbg pelengkap). Tanpa printer komputer tetap dapat melakukan tugasnya sebagai pengolah data, namun sebatas terlihat dilayar monitor belum dalam bentuk print out (kertas).

Saat ini komputer sudah semakin canggih. Namun, komputer tidak akan secanggih sekarang dalam waktu yang singkat. Berikut sejarah komputer dari Generasi pertama sampai Generasi terakhir (sekarang).

Abacus. Sempoa atau Abacus adalah alat kuno untuk penghitungan yang terbuat dari rangka kayu dangan sederetan poros yang berisi manik - manik yang bisa di geser. Alat ini digunakan untuk melakukan operasi aritmatika seperti penjumlahan, pengurangan, perkalian pembagian dan akar kuadrat.Muncul sekitar 5.000 Tahun yang lalu di cina dan masih digunakan di beberapa tempat hingga saat ini. Abacus dapat dianggap sebagai awal mula mesin komputasi (penghitungan). Penggunanya melakukan perhitungan dengan menggunakan biji - bijian geser yang diatur pada sebuah rak. Para pedagang di masa itu menggunakan abacus untuk menghitung transaksi perdagangan. Seiring dengan munculnya pensil dan kertas, abacus kehilangan popularitasnya.

1.        Generasi Pertama (1940-1959)

Komputer genarasi pertama ini disebut juga sebagai komputer dinosaurus karena ukurannya yang relatif besar. Hanya orang yang ahli sajalah yang dapat menggunakan komputer ini karena sangat sulit dan daya komputesinya sangatlah lambat.

Ciri-ciri :

• Komponen yang dipergunakannya adalah tabung hampa udara (Vacum tube) untuk sirkuitnya. 
• Program hanya dapat dibuat dengan bahasa mesin : Assembler.
• Ukuran fisik komputer besar, memerlukan ruangan yang luas. 
• Cepat panas. 
• Proses kurang cepat. 
• Kapasitas penyimpanan kecil. 
• Memerlukan daya listrik yang besar. 
• Orientasi pada aplikasi bisnis.

Sifat-sifatnya :

• Ukurannya besar dan memerlukan tempat yang sangat luas.
• Memerlukan banyak Pendingin (AC) karena banyak mengeluarkan pana.
• Prosesnya relatif lamba.
• Kapasitas untuk menyimpan data kecil.
• Pabrik yang memproduksi; UNIVAC, IBM, BURROGHS, HONEYWELL.

Contoh dari komputer generasi pertama adalah ENIAC atau Electronic Numerical Integrator and Computer adalah komputer temuan dari Pennsylvania University atas permintaan pemerintah Amerika Serikat. Dibanding Mark I, komponen ENIAC jauh lebih komplek.

Presper Eckert dan John W. Mauchly adalah dua orang yang berhasil menemukan ENIAC. Keduanya berhasil menciptakan ENIAC dimana ENIAC tersebut merupakan penyempurnaan dari Mark I. Salah satu penyempurnannya adalah kecepatan merespon perintah sampai 1000 kali lebih cepat di banding Mark I. Pada pertengahan tahun 40-an, ENIAC berhasil dikembangkan oleh John Von Neumann, tujuannya agar ENIAC bisa diginakan dalam jangka waktu yang panjang serta lebih kompleks fungsinya. ENIAC mempunyai 18.800 tabung hampa udara dan berbobot 30 ton. Dengan berat yang begitu besar, makan ENIAC memerlukan ruangan tersendiri untuk mengoperasikannya.

Von Neumann mendesain Electronic Discrete Variable Automatic Comnputer (EDVAC) pada tahun 1945 dengan sebuah memori untuk menampung baik program atau pun data guna untuk menyempurnakan ENIAC. Dasar kerja EDVAC adalah penggunaan sistem memori sebagai media penyimpanan data atau perintah. Tahun 1951, UNIVAC I (Universal Automatic Computer I) yang di buat oleh Remington Rand, menjadi komputer komersial pertama yang memanfaatkan model arsitektur Von Neumann. UNIVAC dimiliki oleh Badan Sensus Amerika Serikat dan General Electric. Salah satuhasil mengesankan komputer UNIVAC, yaitu prediksi kemenangan Eisenhower dalam pemilihan presiden Amerika Serikat pada tahun 1952.

2.       Generasi Kedua (1959-1964)

Komputer generasi kedua ini muncul pada era 1960-an dan dulu komputer ini banyak di gunakan di berbagai perusahaan perusahaan khususnya dalam bidang bisnis. Ukurannya lebih kecil ketimbang komputer generasi pertama yaitu kira kira seukuran lemari saja. Pada era ini juga manusia telah mengenal printer, memori, disket ataupun sitem operasi.

Ciri-ciri :

• Sirkutinya berupa transistor. 
• Program dapat dibuat dengan bahasa tingkat tinggi (high level language), seperti FORTRAN, COBOL, ALGOL. 
• Kapasitas memori utama sudah cukup besar. 
• Ukuran fisik komputer lebih kecil dari komputer generasi pertama. 
• Proses operasi sudah cepat. 
• Membutuhkan lebih sedikit daya listrik. 
• Berorientasi pada bisnis dan teknik.

Sifat-sifatnya :

• Ukurannya relatif kecil. 
• Tidak banyak mengeluarkan panas. 
• Telah mengenal Magnetic Tape dan Magnetic Disk untuk menyimpan data. 
• Mulai mengenal Tele Processing (time sharing yang memungkinkan beberapa user dapat memakai kokmputer secara bersama-sama). 
• Proses relatif lebih cepat. 
• Kapasitas untuk menyimpan data semakin besar. 
• Pabrik yang memproduksi; UNIVAC, IBM, BURROGHS, HONEYWELL, CDC (Control Data Corporation), NCR.

Transistor merupakan ciri khas komputer generasi kedua. Bahan bakunya terdiri atas tiga lapis, yaitu: “basic”, “collector” dan “emmiter”. Transistor merupakan singkatan dari Transfer Resistor, yang berarti dengan mempengaruhi daya tahan antara dua dari tiga lapisan, maka daya (resistor) yang ada pada lapisan berikutnya dapat pula dipengaruhi.

Dengan demikian, fungsi transistor adalah sebagai penguat sinyal. Sebagai komponen padat, tansistor mempunyai banyak keunggulan seperti misalnya: tidak mudah pecah, tidak menyalurkan panas. dan dengan demikian, komputer yang ada menjadi lebih kecil dan lebih murah.

Pada tahun 1960-an, IBM memperkenalkan komputer komersial yang memanfaatkan transistor dan digunakan secara luas mulai beredar dipasaran. Komputer IBM- 7090 buatan Amerika Serikat merupakan salah satu komputer komersial yang memanfaatkan transistor.

Komputer ini dirancang untuk menyelesaikan segala macam pekerjaan baik yang bersifat ilmiah ataupun komersial. Karena kecepatan dan kemampuan yang dimilikinya, menyebabkan IBM 7090 menjadi sangat popular. Komputer generasi kedua lainnya adalah: UNIVAC III, UNIVAC SS80, SS90, dan 1107, IBM 7070, 7080, 1400, dan 1600, NCR Serie 304, MARK IV dan Honeywell Model 800.

Walaupun komputer ini telah menggunakan transistor sebagai pengganti fungsi tabung hampa, namun komputer ini tetap mengeluarkan panas walaupun tidak sebanyak yang di keluarkan oleh komputer generasi pertama dan itu dapat berpotensi untuk merusak komponen komponen yang ada pada komputer. Pada generasi ini juga bermunculan banyak programmer, analyst dan ahli di bidang komputer serta juga bermunculan dan mulai berkembang industri piranti lunak atau softwere.

3.       Generasi Ketiga (1964-1975)

Komputer generasi ketiga merupakan perkembangan yang paling pesat dari perkembangan komputer yang ada. Komputer generasi ketiga muncul sejak era 1965-1971-an. Transistor yang dianggap tidak effisien lagi membuat manusia mencari solusi lain dan solusi itu di temukan pada batu kuarsa ( Quartz rock ). Jack Kilby, seorang insinyur di Texas Instrument, mengembangkan sirkuit terintegrasi (IC : integrated circuit) di tahun 1958. Hal ini merupakan sebuah inovasi yang dapat mendongkrak munculnya komputer generasi ketiga.

Ciri-ciri :

• Komponen elektronikanya dari Integrated Circuit (IC) yang berbentuk lempengan atau chip. 
• Program dibuat dengan bahasa tingkat tinggi (High Level Language), yaitu: BASIC, FORTRAN, COBOL. 
• Sudah menerapkan konsep multi processing dan dapat menjalankan program lebih dari satu multi programming dalam waktu yang bersamaan. 
• Dapat berkomunikasi dengan peralatan lain untuk melakukan komunikasi data seperti telepon dengan komputer.

Sifat-sifatnya :

• Ukurannya lebih kecil dari komputer generasi kedua. 
• Mulai mengenal Multi Programming dan Multi Processing. 
• Adanya integrasi antara Software dan Hardware dalam Sistem Operasi. 
• Prosesnya sangat cepat. 
• Kapasitas untuk menyimpan data lebih besar.
•  Pabrik yang memproduksi; IBM, BURROGHS, HONEYWELL, NCR. 
• Contoh mesin; IBM S/360, UNIVAC 1108, PDP 8 & 11, HONEYWELL 200, RCA, SPECTRA 70

Konsep semakin kecil dan semakin murah dari transistor, akhirnya memacu orang untuk terus melakukan berbagai penelitian. Ribuan transistor akhirnya berhasil digabung dalam satu bentuk yang sangat kecil. Secuil silicium yag mempunyai ukuran beberapa milimeter berhasil diciptakan, dan inilah yang disebut sebagai Integrated Circuit atau IC-Chip yang merupakan ciri khas komputer generasi ketiga.

Cincin magnetic tersebut dapat di-magnetisasi secara satu arah ataupun berlawanan, dan men-sinyalkan kondisi “ON” ataupun “OFF” yang kemudian diterjemahkan menjadi konsep 0 dan 1 dalam system bilangan biner yang sangat dibutuhkan oleh komputer. Pada setiap bidang memory terdapat 924cincin magnetic yang masing-masing mewakili satu bit informasi. Jutaan bit informasi saat ini berada didalam satu chip tunggal dengan bentuk yang sangat kecil.

Komputer yang digunakan untuk otomatisasi pertama dikenalkan pada tahun 1968 oleh PDC 808, yang memiliki 4 KB (kilo-Byte) memory dan 8 bit untuk core memory. Pada era ini juga mulai digunakannya sistem operasi (operation sistem) yang memungkinkan mesin menjalankan berbagai program yang berbeda secara serentak dengan sebuah program utama yang memonitor dan mengkoordinasi memori komputer. Sistem operasi komputer pada generasi ketiga adalah UNIX dan Windows. Walapupun grafiknya sangat minim.

4.       Generasi Keempat (1975-Sekarang)

Komputer generasi keempat adalah komputer yang kita temui pada saat ini. Komputer yang dalam komponen elektriknya masih menggunakan mikrochip walaupun ukurannya dan bahan yang digunakan berbeda. Ukurannya lebih kecil membuat ukuran komputerpun lebuh sederhana.

Ciri-ciri :

• Komponen elektronikanya dari miniaturisasi yang disebut LSI dan mulai memperkenalkan VLSI (Very Large Scale Integration) yang merupakan paduan dari IC dengan kapasitas rangkaian dapat mencapai 100.000 komponen tiap chip.
• Mulai dikembangkan suatu jaringan komputer lokal yang menggunakan ARCNET (Attach Research Computing Network).
• Program dibuat dengan bahasa: BASIC, FORTRAN, COBOL, PASCAL

Sifat-sifatnya :

• Ukurannya relatif lebih kecil.
• Sudah menerapkan Multi Programming dan Multi Processing.
• Mengenal DataBase Management System (DBMS).
• Pabrik yang memproduksi; IBM, BURROGHS, HONEYWELL, INTEL.
• Contoh mesin; IBM (IBM S/34, IBM S/36, IBM PC/AT & XT, IBM PS/2), HONEYWELL 700, BURROGHS 600, CRAY I, CYBER, PC Aplle II, COMMODORE PC ,INTEL i386 sampai dengan intel Pentium I, II, III, IV, Dual Core, Core 2 Duo, dan Quad Core.

Microprocessor merupakan chiri khas komputer generasi ke-empat yang merupakan pemadatan ribuan IC kedalam sebuah Chip. Karena bentuk yang semakin kecil dan kemampuan yang semakin meningkat dan harga yang ditawarkan juga semakin murah.Microprocessor merupakan awal kelahiran komputer personal. Pada tahun 1971, Intel Corp kemudian mengembangkan microprocessor pertama serie 4004.

Komputer genarasi ini telah berkembang sangat pesat karena penggunannya yang sangat mudah (friendly user) dan serba guna apalagi di bidang industri dan teknologi informasi, peranan komputer sangatlah membantu. Contoh generasi ini adalah Apple I Computer yang dikembangkan oleh Steve Wozniak dan Steve Jobs dengan cara memasukkan microprocessor pada circuit board komputer. Disamping itu, kemudian muncul TRS Model 80 dengan processor jenis Motorola 68000 dan Zilog Z-80 menggunakan 64Kb RAM standard. Komputer Apple II-e yang menggunakan processor jenis 6502R serta Ram sebesar 64 Kb, juga merupakan salah satu komputer PC sangat popular pada masa itu. Operating Sistem yang digunakan adalah: CP/M 8 Bit. Komputer ini sangat populer pada awal tahun 80-an.

IBM mulai mengeluarkan Personal Computer pada sekitar tahun 1981, dengan menggunakan Operating System MS-DOS 16 Bit. Dikarenakan harga yang ditawarkan tidak jauh berbeda dengan komputer lainnya, disamping teknologinya jauh lebih baik serta nama besar dari IBM sendiri, maka dalam waktu yang sangat singkat komputer ini menjadi sangat popular.

5.       Generasi Kelima (Sekarang - Masa Depan)

Rencana masa depan komputer generasi ke lima adalah komputer yang telah memiliki Artificial Intelligence (AI). Sehingga komputer di masa depan dapat memberikan respon atas keinginan manusia.

Ciri ciri :

• Komputer generasi ini masih dalam tahap pengembangan dan pemakainya belum banyak. Pengembangan komputer genarasi ini dipelopori oleh negara Jepang.
• Komponen elektronikanya menggunakan bentuk paling baru dari chip VLSI.
• Program dibuat dalam bahasa PROLOG (Programming Logic) dan LISP (List Processor).
• Komputer generasi kelima difokuskan kepada AI (Artificial Inteligence / Kecerdasan Buatan), yaitu sesuatu yang berhubungan dengan penggunaan komputer untuk melaksanakan tugas-tugas yang merupakan analog tingkah laku manusia.

Sifat-sifatnya:

• Dapat membantu menyusun program untuk dirinya sendiri.
• Dapat menerjemahkan dari suatu bahasa ke bahasa lain.
• Dapat membuat pertimbangan-pertimbangan logis.
• Dapat mendengar kalimat perintah yang diucapkan serta melaksanakannya.
• Dapat memilih setumpuk fakta serta menggunakan fakta yang diperlukan.
• Dapat mengolah gambar-gambar dan grafik dengan cara yang sama dengan mengolah kata, misalnya dapat melihat serta mengerti sebuah foto.

Dua tanda tanda akan munculnya inovasi komputer generasi kelima adalah  komputer paralel yang berarti memungkinkan banyak CPU bekerja sama membentuk suatu jaringan yang efisien. Selin itu ditemukannya superkonduktor yang memungkinkan aliran listrik mengalir tanpa hambatan sedikitpun sehingga dapat meningkatkan kecepatan informasi yang di dapat. Lembaga ICOT (Institute for new Computer Technology) juga dibentuk untuk merealisasikan keberadaan komputer generasi kelima ini.

Pada generasi ini ditandai dengan munculnya: LSI (Large Scale Integration) yang merupakan pemadatan ribuan microprocessor kedalam sebuah microprocesor. Selain itu, juga ditandai dengan munculnya microprocessor dan semi conductor. Perusahaan-perusahaan yang membuat micro-processor diantaranya adalah: Intel Corporation, Motorola, Zilog dan lainnya lagi. Dipasaran bisa kita lihat adanya microprocessor dari Intel dengan model 4004, 8088, 80286, 80386, 80486, dan Pentium.

Pentium-4 merupakan produksi terbaru dari Intel Corporation yang diharapkan dapat menutupi segala kelemahan yang ada pada produk sebelumnya, disamping itu, kemampuan dan kecepatan yang dimiliki Pentium-4 juga bertambah menjadi 2 Ghz. Gambar-gambar yang ditampilkan menjadi lebih halus dan lebih tajam, disamping itu kecepatan memproses, mengirim ataupun menerima gambar juga menjadi semakin cepat.

Pentium-4 diproduksi dengan menggunakan teknologi 0.18 mikron. Dengan bentuk yang semakin kecil mengakibatkan daya, arus dan tegangan panas yang dikeluarkan juga semakin kecil. Dengan processor yang lebih cepat dingin, dapat dihasilkan kecepatan MHz yang lebih tinggi. Kecepatan yang dimiliki adalah 20 kali lebih cepat dari generasi Pentium – 3.

Packard Bell iXtreme 4140i merupakan salah satu PC komputer yang telah menggunakan Pentium-4 sebagai processor dengan kecepatan 1.4 GHz, memory RDRAM 128 MB, Harddisk sebesar 40 GB (1.5 GB digunakan untuk recovery), serta video card GeForce2 MX dengan memory 32 MB.

HP Pavilion 9850 juga merupakan PC yang menggunakan Pentium-4 untuk processor nya dengan kecepatan 1.4 GHz. PC Pentium-4 Hewllett-Packard ini dating dengan dominan warna hitam dan abu-abu. Dibanding dengan PC lainnya, Pavilion merupakan PC Pentium-4 dengan fasilitas terlengkap. Memory yang dimiliki sebesar RDRAM 128 MB, Harddisk 30 GB dengan monitor sebesar 17 inchi.

Sumber :

http://gambar-unik-dunia.blogspot.com/2010/03/5-generasi-komputer-dalam-sejarah.html 

http://id.wikipedia.org/wiki/Sejarah_perkembangan_komputer 

http://blog.student.uny.ac.id/rosmawatizakia/2012/09/17/perkembangan-komputer-dari-masa-ke-masa/ 

Bio Informatika

Pendahuluan

Bioinformatika atau Bioinformatics adalah ilmu yang mempelajari tentang penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup ilmu matematika, statistik, dan komputer untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Secara esensial, bioinformatika mempunyai tiga komponen :

1. Penciptaan database yang memungkinkan penyimpanan dan manajemen pengaturan biologis yang besar.
2. Penembangan algoritma dan statistik untuk menentukan hubungan diantara sejumlah data set yang besar.
3. Penggunaan dari perkakas untuk analisa dan penafsiran dari berbagai jenis data biologis, mencakup DNA, RNA, dan urutan protein, profil ekspresi gen dan jalur biokimia.

Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan soffware. Baik pihak pabrikan sofware dan harware maupun pihak ketiga dalam produksi perangkat lunak. Salah satu contohnya dapat dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya beberapa tahun).

Sejarah

Isitilah bioinformatika pertama kali dikemukakan pada pertengahan tahun 1980-an untuk mengacu pada penerapan komputer dalam biologi dan pada mulanya diartikan sebagai manajemen dan analisis DNA, RNA dan data sekuensing protein. Namun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika untuk analisis sekuensing telah dilakukan sejak tahun 1960-an, tetapi hal ini mempunyai kepentingan yang sempit sampai kemajuan dalam teknologi sekuensing yang mendorong ke arah suatu perkembangan yang cepat dalam jumlah sekuens yang tersimpan di database seperti GenBank.

Saat ini, istilah Bioinformatika telah meluas untuk menyertakan tipe data biologi yang berbeda, sebagai contoh struktur protein, profil ekspresi gen dan interaksi protein. Masing-masing dari tipe data tersebut memerlukan pengaturan database, algoritma dan metode statistik sendiri-sendiri. Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

Sekuensing DNA satu organisme, misalnya suatu virus memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida atau molekul DNA atau sekitar 11 gen, yang telah berhasil dibaca secara menyeluruh pada tahun 1977. Kemudia Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun, walaupun semua ini belum terlalu lengkap. Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982.

Masa depan bioinformatika adalah pengintegrasian data. Sebagai contoh, pengintegrasian sumber data yang sangat bervariasi seperti data klinis dan data genomik akan membantu kita dalam menentukan penggunaan gejala penyakit dalam memprediksi mutasi genetik dan sebaliknya. Pengintegrasian data sistem informasi geografi (SIG) seperti peta, sistem cuaca, dengan hasil kesehatan dan data genotipe, akan membantu kita untuk memprediksi hasil sukses dari penelitian agrikultural. Ruang lingkup masa depan penelitian bioinformatika adalah membandingkan secara skala besar dari genomik. Sebagai contoh, pengembangan perkakas yang dapat melaksanakan 10 jalur pembandingan genom akan mendorong majunya angka penemuan pada bidang bionformatika. Selama ini, modeling dan visualisasi jejaring (network) yang penuh dari sistem kompleks dapat digunakan untuk memprediksi bagaimana sistem (atau sel) bereaksi terhadap obat sebagai contohnya. Tantangan teknis yang melingkupi bioinformatika ditujukan pada komputer yang lebih cepat, kemajuan teknologi dalam kapasitas ruang penyimpanan dan peningkatan bandwidth. Akhirnya, pertanyaan kunci riset bagi masa depan bioinformatika adalah bagaimana secara komputasi membandingkan pengamatan biologi kompleks, seperti pola ekspresi gen dan jejaring protein. Bioinformatika adalah suatu sistem yang mengubah pengamatan biologi kepada suatu model yang komputer akan dapat memahaminya. Hal ini adalah tugas yang sangat menantang karena ilmu biologi dapat menjadi sangat kompleks. Permasalahan bagaimana untuk mendigitalisasikan data fenotif seperti perilaku, elektrokardiogram dan hasil kesehatan kepada bentuk yang dapat terbaca komputer menawarkan tantangan yang menarik di masa mendatang bagi para pakar bioinformatika.

PenerapanBiologis

Basis Data Sekuens Biologis

Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya, basis data sekuens biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat maupun protein, basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam nukleat.

Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (Eropa), dan DDBJ(Inggris) (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga basis data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing basis data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari periset individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.

Sementara itu, contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga basis data tersebut telah digabungkan dalam UniProt (yang didanai terutama oleh Amerika Serikat). Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis. Penelusuran BLAST (BLAST search) pada basis data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.

PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) adalah basis data tunggal yang menyimpan model struktural tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein ataupun asam nukleat.

Analisis Ekspresi Gen

Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai macam teknik (misalnya dengan microarray ataupun Serial Analysis of Gene Expression ["Analisis Serial Ekspresi Gen", SAGE]). Teknik-teknik tersebut umumnya diterapkan pada analisis ekspresi gen skala besar yang mengukur ekspresi banyak gen (bahkan genom) dan menghasilkan data skala besar. Metode-metode penggalian data (data mining) diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola informatif. Sebagai contoh, metode-metode komparasi digunakan untuk membandingkan ekspresi di antara gen-gen, sementara metode-metode klastering (clustering) digunakan untuk mempartisi data tersebut berdasarkan kesamaan ekspresi gen.

Sumber :

1. http://id.wikipedia.org/wiki/Bioinformatika
2. http://suryokuncorojakti-fkh.web.unair.ac.id/artikel_detail-38847-Biomolekuler%20dan%20Imunologi-Bioinformatika.html
3. http://bioinformatika-q.blogspot.com/